Władzami Towarzystwa są:
- Walne Zgromadzenie Członków - najwyższa władza Towarzystwa;
- Zarząd Główny składa się z Prezesa i 8 członków Prezydium, Prezesa Honorowego Towarzystwa, Przewodniczących Zarządów Oddziałów i Przewodniczących Sekcji Naukowych;
- Prezydium Zarządu Głównego - Prezes i 8 członków Zarządu, Prezes Honorowy Towarzystwa oraz Prezes poprzedniej kadencji przez pierwszy rok działalności nowego Zarządu;
- Główna Komisja Rewizyjna.
Kadencja władz trwa trzy lata.
Biuro ZG PTChem:
Dyrektor - Agnieszka Płóciennik
Pracownik - Teresa Tolak